Der 1774 in der schwäbischen Stadt Rottweil geborene Bartholomä Herder ist der Gründer des noch heute in Freiburg ansässigen Herder Verlags. Von seinen Eltern für den geistlichen Beruf bestimmt hatte er schon als Schüler der Klosterschule des Benediktinerstiftes St. Blasien und anschließend als Student der Philosophie an der Universität Dillingen, wohl durch eigene Erfahrung, den Plan gefasst, ein gelehrter Buchhändler zu werden und seinen Lebensunterhalt durch das Verlegen guter Bücher zu verdienen.

Folgerichtig arbeitet er anfänglich als Buchhändler in Rottweil, aber da ihn diese Tätigkeit nicht voll befriedigt, schickt er im Jahre 1800 dem Konstanzer Fürstbischof Karl Theodor von Dalberg ein Memoire: Wie durch den Buchhandel am einflußreichsten auf die Bildung der Geistlichen und das Schulwesen eingewirkt werden könne. Darauf bewilligt der Bischof dem jungen Herder die Einrichtung einer Druckerei zu Meersburg am Bodensee und bestellt ihn in seine Residenz zum Hofbuchhändler. Hier gründet Herder im November 1801 den nach ihm benannten Verlag. Als Herausgeber am fürstbischöflichen Hof sind seine ersten Veröffentlichungen naturgemäß religiöser Natur wie etwa Wessenberg's Archiv für pastorale Conferenzen in den Landkapiteln des Bisthums Constanz, welches in monatlichen Heften von 1802 bis 1827 erscheint.

Es ist eine turbulente Zeit. Napoleon hatte 1800 mit seinem Sieg bei Marengo die Habsburger aus Oberitalien gedrängt und im Frieden zu Luneville alle linksrheinischen deutschen Territorien Frankreich einverleibt. Zur Frage der anstehenden Entschädigung der westlich des Rheins depossedierten deutschen Fürsten lässt von Dalberg, seit 1802 Fürstbischof in Mainz, bei Herder anonym eine Flugschrift drucken, doch das Papier ist Makulatur, bevor es erscheint. Im Reichsdeputations-hauptschluss von 1803 wird im Zuge der Säkularisation das Erzbistum Mainz aufgelöst und die Residenz Meersburg fällt zusammen mit den Ländern des Hochstifts Konstanz an die Markgrafschaft Baden. Damit verliert Herder den wesentlichen Teil seiner Lebensgrundlage.

Im Jahre 1808 siedelt Herder nach Freiburg über, welches 1805 nach der vernichtenden Niederlage Österreichs bei Austerlitz im 3. Koalitionskrieg als habsburgischer Besitz zusammen mit dem Breisgau an Baden gekommen war. In die Zukunft blickend baut er in der Universitätsstadt als akademischer Buchhändler seinen nach ihm benannten Verlag weiter auf.

In der napoleonischen Zeit stehen Buchhändler bei den gehobenen Bürgerschichten in hohem Ansehen, denn bei ihnen kann man die raren und teuren Bücher und Zeitschriften einsehen. Eine weit angenehmere Möglichkeit der Lektüre bieten die sogenannten Lesegesellschaften, die, um den Bildungshunger der Bürger zu befriedigen, zur gleichen Zeit überall in deutschen Landen entstehen. Als Herder nach Freiburg kommt, hatten dort im Jahr zuvor der badische Hofkommissar Karl Wilhelm Ludwig Friedrich Drais Freiherr von Sauerbronn, der Dichter Johann Georg Jacobi und der Staatsrechtler Karl von Rotteck die Freiburger Lesegesellschaft gegründet. Diese wird von Herder kräftig unterstützt, indem er dort Neuerscheinungen zur Ansicht auslegt, um potentielle Käufer der Unannehmlichkeit zu überheben, entweder durch vielversprechende Titel oder durch parteiische Recensionen über den Werth der Bücher getäuscht zu werden. Herder erweitert sein Verlagssortiment ständig, wobei synergetische Effekte nicht ausbleiben, denn er veröffentlicht in den Jahren 1812 bis 1827 Karl von Rottecks 9-bändige Allgemeine Geschichte vom Anfang der historischen Kenntniss bis auf unsere Zeiten.  Das Werk wird für eine ganze Generation des gebildeten und liberalen Bürgertums zum Evangelium.

Im Jahre 1813 wird Herder Herausgeber des offiziellen Kriegsbulletins im Hauptquartier der Alliierten mit dem Auftrag, die Teutschen Blätter, wie selbe bis jetzt bei Herrn Brockhaus in Altenburg und Leipzig erschienen sind, ferner fortzusetzen, mit der Bedingung jedoch, daß selbe, wie bisher, der k. k. österreichischen Censur unterzustehen haben. Als er in Begleitung Metternichs mit der Invasionsarmee gegen Napoleon als Direktor der königlich-kaiserlichen Feldpresse 1815 in Paris einzieht, gerät Herder mitten ins Zeitgeschehen. Bei den Friedensverhandlungen vor Ort und später beim Wiener Kongress übernimmt er auch diplomatische Aufgaben.

Wieder in der Heimat begegnet Herder dem steigenden Bedarf im Druckgewerbe an Lithographen, Stahl- und Kupferstechern mit der Gründung eines ausbildenden Kunstinstituts. Mehr als 300 Schüler verlassen im Laufe der Jahre die Freiburger Schule. Auch Herder selbst profitiert von dieser Einrichtung, als er die Heiligen Schriften des Alten und Neuen Testamentes in 200 biblischen Kupfern herausbringt. Zwischen 1825 und 1827 entsteht eine Systematische Bilder-Galerie zur Allgemeinen deutschen Real-Encyclopädie mit rund 4.000 Abbildungen auf 226 lithographischen Tafeln. Neben den bekannten Konversationslexika, dem Brockhaus und dem Meyer, bringt der Herderverlag das Staatslexikon der Görres-Gesellschaft und ganz in der katholischen Tradition des Hauses Buchbergers Lexikon für Theologie und Kirche heraus. Mit Woerls Atlas von Central-Europa in 60 Blättern im Maßstab 1:500 000 und einer Rheingränzkarte wagt Herder sich 1830 an die zweifarbige Lithographie. Noch im Jahre 1870 soll die Frankreichkarte in diesem Atlas der deutschen Armee eine große Hilfe gewesen sein. Weiter erscheinen im Maßstab 1:200 000 Süddeutschland in 48 ebenfalls von Woerl gezeichneten Karten und 1838 der Atlas der Schlachten und Belagerungen alter und neuer Zeit von Kausler.

Beim Tode Bartholomäus Herders im Jahre 1839 zeichnet sich der Verlag durch ein breit gefächertes Programm aus, welches weit über die ursprünglich religiöse Zielrichtung hinausgeht. Herders Söhne Karl Rafael und Benjamin führten und deren Nachkommen führen die Arbeit des Gründers bis heute fort.